El II Congreso Nacional de Biodiversidad se celebró en Blanes, Girona, entre los días 10 al 13 de febrero de 2009, y en él se reflexionó sobre el estado actual de la biodiversidad en España y las causas sociales y económicas que influyen en su situación, con el objetivo de poner los medios adecuados para su preservación.
 
El Congreso estaba dirigido a científicos dedicados a la investigación en temas de conservación, juristas y economistas, así como profesionales de las Administraciones Públicas y del sector privado que deseen profundizar en la dimensión estratégica de la conservación de la biodiversidad y en el conocimiento de avances científicos y estrategias destinadas a preservar su función en el marco general de la sostenibilidad del desarrollo.

En el programa participaron científicos (ciencias naturales, sociales, económicas y humanistas), y expertos, que debatieron sobre los retos que en la actualidad plantea la conservación y el aprovechamiento sostenible de los recursos y de la biodiversidad.