El objetivo fundamental del proyecto es determinar las áreas de importancia ecológica para la conservación de la biodiversidad marina en las áreas españolas del Atlántico Norte y el Mar Cantábrico.  Asimismo, a través de la iniciativa "Determinación de aguas marinas de importancia ecológica en zonas de exclusión marítima del Atlántico Norte y el Mar Cantábrico español para una eventual incorporación a la Red Natura 2000" se pretende comprobar y evaluar si la propuesta de hábitats realizada en el proyecto ejecutado entre 2005 y 2007 está incluida dentro de la red de áreas protegidas marinas existentes actualmente.

Más concretamente, los objetivos que perseguimos son los siguientes: 

• Aumentar el conocimiento científico sobre la biodiversidad en los fondos marinos.
• Contribuir al Inventario Nacional de Lugares Naturales de Interés para la Conservación del Plan de Acción para el Mediterráneo del Programa de Naciones Unidas para el Medio Ambiente.
• Evaluar el estado de las poblaciones de especies protegidas por la Convención de Barcelona y su Protocolo sobre Zonas Especialmente Protegidas y la Diversidad Biológica del Mediterráneo.
• Determinar qué tipo de hábitats marinos importantes están o no representados en la primera propuesta de resultados del proyecto 2005-2006.
• Determinar qué zonas limítrofes de las actuales Áreas Marinas Protegidas del Estado español deben ser incluidas en éstas, con el objetivo de aumentar su protección y aportarles coherencia ecológica.
• Sensibilizar a la población sobre la importancia de conservar la biodiversidad de las áreas marinas y los océanos.